
E. coli có một lượng khá nhiều trong đường tiêu hóa động vật, bình thường sống hoại sinh cùng với nhiều vi sinh vật khác, đôi khi chúng cũng có ích như tổng hợp một số vitamin, có vai trò trong sự hình thành phân. Tuy nhiên khi hệ thống phòng vệ của cơ thể bị suy yếu (ví dụ : bị tổn thương niêm mạc ruột) hoặc số lượng của chúng phát triển quá mức gây mất cân bằng hệ vi khuẩn ruột (ví dụ do dùng kháng sinh không đúng) chúng có thể gây bệnh nên E. coli cũng được xếp vào nhóm gây bệnh cơ hội.
Vì E. coli có mặt trong phân và trong thối rữa của động vật và thực vật nên chỉ số E.coli được dùng để đánh giá nước có nhiễm bẩn (do bị nhiễm phân trong nguồn nước, quá trình xử lý và khử trùng không đúng) hay không,